肌肉系統（英文：muscular system）係一器官系統，由肌肉構成。肌肉分骨骼肌、平滑肌同心肌三類。佢功用多多，如移動身體，維持姿勢、血液流通全身、生熱等等。有脊椎動物而言，大多數肌肉數都以神經系統控制，有少數好心肌咁，就完全自律。肌肉系統連同骨骼系統，就構成肌肉骨骼系統，負責移動身軀。
