微生物囊(英文:microbial cyst)係微生物休息或者休眠嘅階段,通常出現喺細菌或者原生生物,部份無脊椎動物都有呢個階段,呢個階段係畀啲生物體可以涯過不利嘅環境變化,可以睇做暫停生命,生物體嘅代謝變慢,並且停止進食及活動等行為。