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臺南市喺臺灣島嘅西南部，嘉南平原嘅核心位置，地勢平緩兼有大小河川橫穿；東側有丘陵，屬於阿里山山脈嘅尾段，最高嘅山峰係大凍山（標高1,241公尺）。西臨臺灣海峽，有長40幾公里嘅海岸線。沿海地帶喺舊時有倒風內海、臺江內海等潟湖，宜家多變咗陸地，2009年喺當地設立咗台江國家公園以保護濕地。

境內河流幾乎呈東西走向，都係流入臺灣海峽。列作中央管河川嘅重要河川包括咗：八掌溪（同嘉義縣嘅分界河）、急水溪、曾文溪、鹽水溪、二仁溪（同高雄市嘅分界河）；其中曾文溪係臺灣第4長河，打橫間開臺南市境，呢條溪可大致平均分界「溪北」、「溪南」兩個區，兩地喺歷史、自然、人文方面有唔少差異。

臺南另一個特點係水資源豐富，臺灣4成嘅用水都由呢度供應，促成市境入邊發展咗多用水嘅農業及高科技電子業。其中曾文水庫橫跨嘉南兩地，係臺灣最大嘅水庫。其他著名嘅仲有烏山頭水庫同埋臺灣八景之一虎頭埤。