呢個站一共有2層樓嘅地下區域，其中地下1樓係站廳，有票務設施，客務中心同商鋪；地下2樓係13號綫月台。雖然車站冇休息室，但廁所同母嬰室喺月台西南邊。
南崗站嘅站廳收費區喺車站東南邊，西北邊係過街通道。收費區有好多部扶手電梯同樓梯、專用𨋢往返月台都得。
呢個站有一個島式月台，喺黃埔東路嘅地底。
另外，喺呢個站東北邊有條存車線，若果13號綫東北邊出現冬瓜豆腐嘅話，去新沙啲車都會攞呢度做總站，之後喺呢條存車線返轉頭。屆時去沙村到新沙啲乘客要轉其它交通工具先至可以到。
呢個站冇商舖，但得兩臺自助服務。自助服務凈得部好易機同共享雨遮響度。
| 南崗站冚唪唥嘅出入口 |
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 C出入口 | C出入口 |
 D出入口 | D出入口 |
 E出入口 | E出入口 |
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呢個站有4個出入口，分别係B、C、D，E。
| 冧巴 |
標記 |
方位 |
去到邊度
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| 出入口B |
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南 |
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| 出入口C |
黃埔東路 |
東北 |
黃埔東路、南崗路
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| 出入口D |
黃埔東路 |
西北 |
黃埔東路、亨元路
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出入口E |
黃埔東路 |
西南 |
黃埔東路、亨元路、廣海路
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註： 有盲人引導徑 |  有輪椅升降臺 | 有斜道 |  有專用𨋢
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| 行去邊頭 |
頭班車 |
尾班車
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| 每日
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| 13號綫
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| 魚珠站 |
06:16 |
22:46
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| 新沙站 |
06:10 |
23:05
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注意：
喺晚黑最後一班車開走之前嗰5分鐘之內，
係唔畀入閘坐車（包括埋買車飛）。
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呢個站喺1997年嘅廣州地鐵規劃入面出現，嗰時嘅3號綫規劃經過呢度。喺2003年，雖然路線所經過地方保留咗，但路線名變成5號綫。隨後喺局部修改方案入面調轉咗兩條路線經過位，令路線經過所在地變成14號綫經過嘅地方，重喺黃埔東路出現咗南崗站同南鹼路站呢兩個站，位置分別喺開發區西區嘅丹水坑路口同埋開發區東區嘅康南路口。2008年又將14號綫分拆成兩半，呢條路線輾轉成為13號綫一部分，後嚟徵求過市民意見後取消咗南鹼路站，重將南崗站嘅站位搬到東鵬大道近廣深沿江高速公路嗰邊（南崗山公園北邊附近）重喺2012年先至將規劃定咗落嚟。隨後車站又移到南崗山公園東門近鴻福酒店門口位。
2013年3月13號，車站正式開始圍蔽[1]。但同年7月底，施工方喺準備開工時因為突然收到喺南崗地區大量業主投訴點解唔喺黃埔東路近南崗牌坊附近搞，令好多街坊好頭赤[2][3]。後嚟地鐵方考慮到街坊出行問題先至將車站改到亨元路同南崗路嘅交界搞施工。後嚟因為有條涉及好多間權屬單位辦嘅人行天橋響度，令開工時間一拖再拖，直到2014年4月15號先至達成共識，將嗰條阻住地鐵施工嘅兩條天橋拆咗[4][5]重喺嗰年6月13號正式開始圍蔽施工，同年7月14號正式開挖。而南崗⇄温涌路（今日嘅沙村站）之間嘅22號盾構井兩邊嘅隧道從2015年3月17號開挖，直到2016年6月24號先至雙綫貫通嗮。而南崗⇄夏園之間嘅21號盾構井兩邊嘅隧道從2015年12月4號開挖。
2016年10月26號，有喺南崗新城返工同行商場啲街坊同工友發現懷疑有地陷同牆面爆裂嘅現象[6]，令施工期間一度搞質量檢查。雖然有傳言話車站會喺開通13號綫之後會被飛站，但同年11月17號，車站成功封底。而主體結構喺2017年2月28號先至封頂，成為13號綫一期最尾搞掂嘅車站[7][8]。而佢嘅中間風機房從2017年4月13號開工，同年8月17號先至搞掂嗮。不過最受關注呢個站同夏園站被「飛站」嘅輿論風波，隨住南崗⇄夏園之間嘅21號盾構井兩邊隧道喺2017年5月23號雙綫貫通嗮之後先至抵消咗「飛站」質疑。
2017年12月28號12:00，南崗站同13號綫一期段一齊開通。
由於呢個站喺施工前期受到大量拆遷同管線改造嘅影響，令喐手起呢個站兼同13號綫一齊同步開通時，凈起咗C、D同E嗰三個出入口。而B出入口喺2018年9月11號開放[9]。
呢個站嘅客流主要都係啲南崗社區附近啲城中村小區、學生上落堂同返放工啲打工仔上落為主，亦有喺南崗社區住啲居民上落。除咗上落班高峰期比較多人之外，其他時間比較冷清。
喺週末或節假日，都出現有乘客到呢個站落車行去丹水坑入面玩。
有盲人引導徑 | 
有輪椅升降臺 | 
有專用𨋢
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