呢個站有三層樓嘅地下室。其中地下一樓係車站嘅設備同公路，地下二樓係緩衝月台，地下三樓係4號綫月台。雖然車站冇休息室，但有廁所同母嬰室。都喺嗮月台範圍西南邊。
地下
一樓
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站廳
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售票機、客服中心、商舖、車站警務室、安檢設施
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地下
二樓
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緩衝平臺
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往返站廳同4號綫月台
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地下
三樓
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側式月台，開右邊門
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| 2月台
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4號綫終點月台
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| 1月台
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4號綫列車去南橫站（行黃村嗰邊） →
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| 側式月台，開右邊門
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南沙客運港站嘅收費區喺站廳嘅西南、東北兩邊，而免費區喺站廳中間。收費區有扶手電梯同樓梯、專用𨋢往返月台。
呢個站有1個島式月台，喺南沙區南沙街道港前大道南同蒲州路嘅交界地底。
另外，喺4號綫月台東北邊同埋西南邊分別有條交叉渡綫同波口位響度，兩條都係用嚟畀4號綫啲車到咗呢個站東南邊月台清客之後，跟住入去交叉渡綫兩邊或站前返轉頭到西北邊月台上客。
南沙客運港站暫時冇任何商舖同自助服務。
| 南沙客運港站冚唪唥嘅出入口 |
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 B出入口 | B出入口 |
 C出入口 | C出入口 |
 D出入口 | D出入口 |
 E出入口 | E出入口 |
 F出入口 | F出入口 |
 G出入口 | G出入口 |
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呢個站一共有7個出入口，分別係A、B、C同埋D、E、F，G。
| 冧巴 |
標記 |
方位 |
去到邊度
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| 出入口A |
暫時未開 |
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| 出入口B |
港前大道南 |
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蒲州花園、南沙灣巴士總站
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出入口C   |
港前大道南 |
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| 出入口D |
科技大道 |
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商貿南二路
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| 出入口E |
科技大道 |
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| 出入口F |
科技大道 |
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| 出入口G |
港前大道 |
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南沙客運港、南沙客運港巴士站
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註： 有盲人引導徑 |  有斜道 | 有專用𨋢 |  出入口都喺同一層樓
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| 行去邊頭 |
頭班車 |
尾班車
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| 每日
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| 4號綫
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| 黃村站 |
06:00 |
22:30
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注意：
喺晚黑最後一班車開走之前嗰5分鐘之內，
係唔畀入閘坐車（包括埋買車飛）。
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呢個站喺2003年份規劃時話入到南沙，但凈話去到沖尾（而家係金洲站）為止。直到2009年重新提出嘅4號綫三期（南延段）規劃入面，最先行黃山魯北邊同東邊嘅進港大道。後嚟第二年嘅地鐵方案話嗰條路線經過嘅地鐵同規劃緊嘅15號綫基本上重疊，加上嗰時為咗配合南沙明珠灣區嘅開發而改成行環市大道到南沙嘅舊鎮嗰邊，而站位定咗喺嗰時將來要開發嘅南沙客運港附近。隨後規劃喺2012年正式落實。
- 2014年4月21號，車站正式開始喐手起，成為4號綫三期最後一座喐手起嘅車站[1]。
- 2014年10月22號，車站圍護結構正式起好。
- 2015年4月8號，呢個站到南橫之間嘅98號風井西邊左綫盾構隧道正式開挖。
- 2015年5月5號，呢個站到南橫之間嘅98號風井西邊右綫盾構隧道正式開挖。
- 2015年10月18號，呢個站到南橫之間嘅98號風井東邊嘅大盾構隧道正式開挖。
- 2015年11月28號，呢個站到南橫之間嘅98號風井西邊右綫盾構隧道順利貫通。
- 2015年12月2號，呢個站到南橫之間嘅98號風井西邊左綫盾構隧道順利貫通。
- 2016年6月27號，呢個站到南橫之間嘅98號風井東邊嘅大盾構隧道順利貫通而實現雙綫貫通。
- 2016年7月25號，車站正式封頂[2]。
從2017年12月28號朝早頭班車開始，由於4號綫南延段正式延長到呢度做總站而正式開放[3]。
呢個站附近都係啲霍英東基金會喺1996年嗰時搞南沙明珠灣啲機構。喺節假日同週末期間，呢個站好多時有旅客喺呢度出站到南沙客運港搭快艇到香港或澳門等地；亦有一大堆旅客揀呢個站去南沙灣景區或蒲州花園呢啲地方。不過喺平時上班時期，車站一般都畀附近啲工作單位或學校啲學生出入為主。
- 巴士
| 冧巴
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營運範圍
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註
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| 南3 |
黃閣↔南沙灣 |
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| 南5 |
蕉門地鐵站↔南沙灣 |
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| 南18 |
南沙灣環綫 |
環綫
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| 南19 |
南沙灣環綫 |
環綫
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| 南53 |
南沙灣↔南沙兒童公園 |
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- 輪渡
 南沙客運港站嘅站廳郵輪裝飾
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 南沙客運港站嘅「海鷗」燈具裝飾
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呢個站係4號綫嘅其一文化站[註 1]，亦係2017年12月28號開通營運嗰四條新綫[註 2]嘅其一帶有嶺南文化主體嘅車站[註 3][4]。喺成個站廳同月台位整咗以寶船啟航做主題嘅文化藝術，主要內容係按鄭和下西洋嘅寶船設計，再結合習近平喺2013年提出嘅「一帶一路」政策而打造出海上絲綢之路嘅意境[5]。而柱面裝飾用光亮處理設計，天花板用嘅係類似海鷗嘅燈具設計，瓷磚用嘅係獨特嘅石材設計。
成個車站睇落去，既似喺大海漂郵輪嘅畫，又似夜總會啲包廂噉。所以喺站廳入面嘅郵輪裝飾亦吸引咗好多遊客嚟影相。
有斜道 | 
出入口都喺同一層樓
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